海图上的陆地和岛屿的高程与陆地地形图上的高程是一样的，都是以平均海面为高程起算面，其高程为平均海面以上的高度，即人们通常所说的海拔高度或绝对高程。

海图上的礁石有明礁、干出礁、适淹礁和暗礁四种；海滩则有干出滩和浅滩两种。他们的高度起算有两种。明礁是大潮高潮时也不淹没的礁石，其高度是和岛屿高程一样计算的，只不过其面积较小，通常小于500平方米，特大高潮时或有大浪时海水会冲击礁面，缺乏陆生动植物生存的条件；而岛屿面积较大，通常大于500平方米，具备某些陆生动植物的生存条件。干出礁、干出滩、适淹礁、暗礁、浅滩的高度和深度是从深度基准面为起算面的，干出礁、干出滩的高度是深度基准面以上的高度，称干出高度；暗礁、浅滩的深度是深度基准面以下的深度，是与一般水深注记一样的。适淹礁通常指深度基准面时正好淹没，因而不住高度也不注深度。